Δυστυχώς μέχρι σήμερα, μας είναι άγνωστη γραπτή μαρτυρία χρονολογίας κτίσεως της Μονής. Η αρχαιότερη χρονολογία ανήκει στο έτος 1676, γραμμένη στην εικόνα του Τιμίου Προδρόμου στο τέμπλο. Το δε αναλόγιο χρονολογείται από το 1695, αλλά έχουμε και χειρόγραφα του 14ου αιώνος. Ίσως μπορούμε να υποθέσουμε την ίδρυση της Βύλιζας στο α μισό του 17ου αιώνα.
Η Μονή είναι χτισμένη σε στενόμακρο σιάδι και στο χείλος απότομου γκρεμού πάνω από το Ματσουκιώτικο ποτάμι, σ'ένα τοπίο ιδιαίτερα άγριο όσο και γραφικό, 30΄ με 40΄ δυτικά του οικισμού Ματσούκι, ακολουθώντας το μονοπάτι της Μέσης. Η τοποθεσία της Βύλιζας αποτελούσε άλλοτε ομώνυμο οχυρό, σύμφωνα με την παροιμία που σώζεται μέχρι σήμερα: Κάστρο, Βύλιζα, χωριό Ματσούκι, Καλαρρύτες μαχαλάς και Συρράκο πέντε σπίτια. Η λέξη Βύλιζα προέρχεται από την λατινική νΐ§Πο, που σημαίνει αγρυπνώ, φρουρώ, βιγλίζω. Στα βλάχικα η αντίστοιχη λέξη είναι (α)βέγκλιου. Εάν οι Καλαρρύτες και το Συρράκο τοποθετούνται πριν ή πολύ πριν από τον 15ο αιώνα, τότε το Ματσούκι είναι πιο αρχαίο, ακόμη δε παλαιότερο το κάστρο της Βύλιζας.
Η είσοδος στη Μονή γίνεται από τα δυτικά, όπου υπάρχει και ο ξενώνας που στηρίζεται σε τρεις καμάρες, και από τον οποίο αγναντεύει κανείς την περιοχή. Εσωτερικά ευρύχωρο μπαλκόνι στηρίζεται σε τρεις πέτρινες καμάρες, επίσης παραδοσιακές. Η βόρεια πτέρυγα περιελάμβανε την τραπεζαρία και αποθηκευτικούς χώρους, ενώ στη νότια ήταν τα κελιά. Το ευρύχωρο αίθριο είναι στρωμένο με πλάκες.
Αφιερωμένο στη γέννηση του Τιμίου Προδρόμου είναι το παρεκκλήσιο που βρίσκεται λίγα βήματα έξω από τον περίβολο του Καθολικού, κομψό πέτρινο κτίσμα, σκεπασμένο με πλάκα, όπως όλα τα κτίσματα της Μονής. Είναι όλο τοιχογραφημένο από το 1737, δια χειρός των αυταδέλφων Γεωργίου και Στεργίου, από το γειτονικό χωριό Καλαρρύτες.
Στο Καθολικό και στην είσοδο του εξωνάρθηκα υπάρχουν εφτά πέτρινες καμάρες, κομψές και άριστα προσαρμοσμένες στην αρχαιολογική φυσιογνωμία της Μονής. Στο εσωτερικό του ναού, και συγκεκριμένα στο νάρθηκα, οι τοιχογραφίες με ολόσωμους αγίους και στηθάρια, η ρίζα του Ιεσσαί, η Θεοτόκος σε προτομή και μέσα σε δόξα στην καμάρα της οροφής, ανήκουν πιθανώς στον 17ο αιώνα ή το πρώτο μισό του 18ου αιώνος, ενώ η παράσταση της Δευτέρας Παρουσίας στην ανατολική πλευρά είναι λαϊκής τεχνοτροπίας του 18ου αιώνος. Οι τοιχογραφίες του υπόλοιπου ναού (κυρίως και ιερό) ανήκουν στο έτος 1793, διά χειρός Κωνσταντίνου και Στεργίου των ιερέων, καθώς και Χριστοδούλου και Ιωάννη, σύμφωνα με την επιγραφή στο εσωτερικό δυτικό υπέρθυρο του κυρίως ναού.
Πολύ αξιόλογες είναι οι τρεις μεγάλες εικόνες του τέμπλου: Μήτηρ Θεού (Ένθρονη), Ιησούς Χριστός (Ένθρονος) τις οποίες υπογράφει ο Γεώργιος Νομικός (1705), καθώς και του Ιωάννου του Προδρόμου, εικόνα εκφραστική, χρονολογουμένη πιθανώς στο β΄μισό του 17ου αιώνος.
Βόρεια του νάρθηκα και κατόπιν διαμορφώσεως του χώρου κατά τα έτη 1986-1987, προέκυψε παρεκκλήσιο αφιερωμένο στην Αγία Κυριακή.
Η Μονή της Βύλιζας κατείχε πλουσιότατη βιβλιοθήκη, η οποία δυστυχώς μετά τη διάλυσή της το 1893, καταστράφηκε σε μεγάλο βαθμό.
Στο γειτονικό χωριό Ματσούκι αξίζει κανείς να επισκεφτεί την αίθουσα του Δημοτικού Σχολείου στην οποία άριστα διευθετημένα στεγάζεται το Θρησκευτικό-Ιστορικό-Πολιτιστικό Μουσείο της Ιεράς Μονής Βύλιζας περιέχοντας εικόνες που έχουν καθαρισθεί και συντηρηθεί, το μοναδικό χειρόγραφο της Βιβλιοθήκης που διασώθηκε στο Ματσούκι, διάφορα παλαίτυπα κ.λ.π.